Além do avião, Menorca também se alcança por mar, e muitos preferem esta opção sobretudo se trouxerem o próprio carro. Os dois operadores principais são a Balearia e a Trasmediterránea, ambos com ligações regulares a partir de Barcelona e Palma de Maiorca, além da Naviera Armas em algumas rotas sazonais.
A travessia Barcelona-Maó demora cerca de 9 horas num ferry noturno (com camarote) ou um pouco menos nas ligações rápidas diurnas. A ligação mais curta é Alcúdia (Maiorca) – Ciutadella, cerca de uma hora, popular entre quem combina as duas ilhas numa só viagem. O porto grande de Maó recebe os navios vindos da Península, e Ciutadella os que vêm de Maiorca.
No verão os lugares para carro esgotam-se depressa, sobretudo na ligação Alcúdia-Ciutadella, por isso reservar com meses de antecedência não é apenas um conselho de rotina.